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基因組重測序
產品簡介

     全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序,并在此基礎上對個體或群體進行差異性分析?;諶蜃櫓夭廡蚣際?,人們可以快速進行資源普查篩選,尋找到大量遺傳變異,實現重要性狀候選基因的預測。隨著測序成本降低和擁有參考基因組序列物種增多,全基因組重測序成為動植物育種的有效方法。

技術流程
 
樣品要求

1)樣品類型:無降解,無污染的DNA樣品;
 
2)樣品需求量:≥2μg;
 
3)樣品濃度:≥30 ng/μl;
 
4)樣品純度:OD260/280=1.8~2.0。
 
 
其他要求
 
1) DNA要有明顯主帶,無降解,無RNA、蛋白質等雜質污染;
 
2) 送樣時請使用干冰或冰袋運送


案例解析

案例一:全基因組重測序檢測鷹嘴豆遺傳變異[1]

       本研究中對35份鷹嘴豆進行全基因組重測序,總測序量達192.19Gb data(973.13M reads),平均測序深度10X;與參考基因組比對,平均比對率為92.18%,基因組平均覆蓋度82.17%;全部數據用于后續的SNP,indel,SV,CNV,PAV變異檢測;該研究中全基因組范圍的變異為后續的定位重要農藝性狀奠定了基??;以及為后續制作SNP芯片和育種提供極大的幫助。




參考文獻

[1]Mahendar Thudi ,et.al. Whole genome re-sequencing reveals genome-wide variations among parental lines of 16 mapping populations in chickpea (Cicer arietinum L.).BMC Plant Biology.2016 16(Suppl 1):10,DOI: 10.1186/s12870-015-0690-3.
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